故事发生在虚构的城市空崎市，在那里，存在着一支由身手矫健的少女们所组成的特工组织“月影”，每天入夜，少女们的身影便会在月亮的映照下穿梭在城市的角角落落，守护这座城市与市民们的安全。犯罪组织“魍魉”一直对空崎市虎视眈眈，屡屡进犯，他们是月影最大也是最难对付的对手。　　源桃（安斋由香里 配音）是一名高中二年级的学生，本来 平凡无异的她，凭借着自己的特殊能力，在机缘巧合之下加入了月影。在那里，她结识了个性认真严谨的半藏门雪（沼仓爱美 配音）、积极向上的相模枫（藤田茜 配音）和桀骜不驯古灵精怪的八千代命（洲崎绫 配音）等人。

《月影特工》是一部充满惊险刺激的科幻动漫，故事背景设定在未来的地球上。在这个世界里，人类社会已经进化到了一个高度发达的科技阶段，但同时也面临着来自外部威胁的挑战。在这个充满未知的宇宙中，一个名为“月影特工”的组织应运而生，他们的使命是保护地球，对抗各种威胁。

主角是一位名叫凌风的年轻特工，他拥有出色的战斗技能和敏锐的洞察力。在一次任务中，凌风发现了一个隐藏在地球背后的巨大阴谋。原来，地球正面临着来自外星的入侵威胁，而这一切都是由一个神秘的外星势力所策划的。

凌风和他的团队决定挺身而出，保卫家园。在他们的冒险旅程中，他们不仅要面对外星生物的挑战，还要与各种叛变者和间谍进行斗争。而在这一切背后，还隐藏着一个更加黑暗的阴谋，一个企图毁灭地球的阴谋。

故事情节扑朔迷离，充满了悬念和惊喜。凌风和他的团队在不断的挑战中成长，学会团结合作，共同面对一切困难和挑战。他们不仅要对抗外部威胁，还要面对内部的矛盾和考验。同时，凌风也在不断探索自己的身世和命运，他的成长和奋斗成为整个故事的核心。

在最终的决战中，凌风和他的团队成功击败了外星入侵者，挫败了阴谋，保卫了地球。但这并不是结局，而是一个新的开始。月影特工的使命依然存在，未来的挑战依然严峻。凌风和他的团队将继续前行，守护着这个美丽的星球，为和平与正义而战。